Jeden z twórców polskiego skautingu, wybitny instruktor i teoretyk harcerstwa, działacz polskich organizacji młodzieżowych i niepodległościowych.

Urodził się w Trębkach k. Kutna w rodzinie ziemiańskiej o tradycjach patriotycznych i żołnierskich. Uczył się w Warszawie, Tarnowie, Krakowie i we Lwowie, gdzie w 1906 w VI Szkole Realnej uzyskał świadectwo dojrzałości. 

Był współzałożycielem abstynenckiej organizacji uczniów krakowskich "Młodzież". W 1908 rozpoczął studia na Wydziale Budowy Maszyn Politechniki Lwowskiej. W kwietniu 1910 przeniósł się na Uniwersytet Jana Kazimierza, którego nie ukończył.

Był członkiem Zarządu Głównego "Eleuterii" - federacji związków abstynenckich. Należał do "Eleusis", "Zarzewia", "Sokoła". W listopadzie 1909 otrzymał do przetłumaczenia klasyczny podręcznik twórcy skautingu Roberta Baden-Powella Scouting for Boys. Po zapoznaniu się z treścią Małkowski stał się entuzjastą i propagatorem skautingu na ziemiach polskich; w 1909-12 brał udział we wszystkich pracach mających na celu rozwój polskiego skautingu.

W czasie pierwszego kursu skautowego 20 III - 21 V 1911 omawiał poszczególne rozdziały przygotowywanego przez siebie podręcznika. W okresie kwiecień-lipiec 1911 ukazywała się arkuszami jego praca Scouting jako system wychowania młodzieży - pierwsza polska książka o skautingu.                Małkowski wszedł w skład pierwszej Komendy Skautowej, następnie Naczelnej Komendy Skautowej we Lwowie. W październiku 1911 rozpoczął wydawanie "Skauta", który wkrótce zdobył niezwykłą poczytność. Małkowski traktował skauting jako nowy styl życia i metodę odrodzenia młodzieży. W marcu 1912 wyjechał do Londynu w celu zebrania materiału do nowego wydania swej książki.

Po powrocie został odsunięty od pracy w "Skaucie" i Naczelnej Komendzie Skautowej. W 1913 zorganizował wycieczkę skautową na III Wszechbrytyjski Zlot Skautów w Anglii, gdzie nad polskim obozem powiewała biało-czerwona flaga i używano nazwy kraju wymazanego z mapy świata. Za wybitne zasługi Małkowski otrzymał od R. Baden-Powella skautowy medal "Za zasługi".

W czerwcu 1913 Małkowski przeniósł się do Zakopanego, gdzie wziął ślub z Olgą Drahonowską. Rozwijał tam ożywioną działalność, tworząc silny, niezależny ośrodek harcerski.

Wraz z wybuchem wojny wstąpił na krótko do Legionów Polskich. Brał udział w pierwszych walkach, lecz zależność tych formacji od zaborcy austryjackiego spowodowała jego wystąpienie. W wyniku próby utworzenia niepodległej Rzeczypospolitej Podhalańskiej musiał opuścić Zakopane.

Udał się do Anglii, a potem do Stanów Zjednoczonych, gdzie zakładał polskie drużyny skautowe wśród wychodźstwa. Od września 1915 do września 1916 pełnił funkcję skaut mistrza związkowego w Związku Sokołów Polskich w Ameryce. Próbował zorganizować z "Sokołów" Legion Polski do walki z Niemcami.

Wobec braku poparcia ze strony władz związku przybył do Kanady, gdzie wstąpił w grudniu 1916 do wojska. W styczniu 1917 wraz z grup± "Sokołów" został przyjęty do Wojskowej Szkoły Piechoty, którą ukończył w kwietniu. Następnie służył w armii kanadyjskiej, walczył na froncie we Francji. W listopadzie 1918 został przeniesiony do armii gen. Józefa Hallera.

Wysłany w misji wojskowej do polskich oddziałów w Odessie zginął w czasie podróży w wyniku zatonięcia statku, którym płynął.